Bakkakirkja er í Möðruvallaprestakalli í Eyjafjarðarprófastsdæmi. Bakki er bær og kirkjustaður í Öxnadal neðanverðum. Þar voru katólskar kirkjur helgaðar Jóhannesi postula.

Kirkjunni var þjónað frá Bægisá til 1097 en þá voru Bakka- og Bægisársóknir lagðar til Möðruvalla í Hörgárdal. Bakkakirkja er elzta kirkjan í prófastsdæminu. Hún á marga góða gripi, m.a.altaristöflu og prédikunarstól frá 1703 og margar góðar bækur. Kirkjan var byggð 1842.