Kirkjan er í Bólstaðarhlíðarprestakalli í Húnavatnsprófastsdæmi. Bólstaðarhlíð er gamalt höfuðból og kirkjustaður í Avarsskarði, yzta hluta Svartárdals. Þar var fyrrum útkirkja frá Bergsstöðum.

Katólskar kirkjur voru helgaðar Mikael erkiengli. Prestakallið var stofnað 1970 og undir það heyra kirkjur í Bólstaðahlíð, á Bergsstöðum, í Auðkúlu, á Svínavatni og Holtastöðum. Prestssetrið er í landi Botnastaða, sunnan Hlíðarár, þar sem félagsheimilið Húnaver er (1957). Kirkjan var vígð 1889.

Núverandi járnvarin timburkirkja var reist 1888 og vígð 1889.  Hún var friðuð 1. janúar 1990.