Flugumýrarkirkja er í Miklabæjarprestakalli í Skagafjarðarprófastsdæmi.  Flugumýri er bær og kirkjustaður í Blönduhlíð, sem heyrði til Hofsstaðaþinga til 1861, þegar þau voru lögð niður.  Þá var sóknin lögð til Miklabæjar.  Kirkjan, sem nú stendur á Flugumýri, var byggð á árunum 1929-1930.

Flugumýrarkirkju er fyrst getið í Sturlungu árið 1253, en vafalítið var þar kirkja alllöngu fyrr, þótt engar heimildir hafi fundizt.  Flugumýri var landnámsjörð Þóris dúfunefs og hefur frá öndverðu verið í tölu bestu jarða í Skagafirði.  Hún var ein af þriggja jarða í Akrahreppi, sem metin var í hæsta landsskala, eða hundrað hundruða að dýrleika á meðan á öllu landinu voru aðeins 42 jarðir metnar svo hátt og í mörgum sýslum var engin jörð svo hátt metin.

Kirkjan kemur við sögu í Flugumýrarbrennu 22. október árið 1253, þegar Hallur Gissurarson stökk út úr brennandi bænum.  Þegar hann kom út, hjó einn brennumanna hann í höfuðið og annar hjó á hægri fótinn svo nálega tók af um hné. Hallur lifði árásina af en lá illa útleikinn þar til Þórólf munk bar að og skaut undir hann gæru og dró hann til kirkju. Þar lá Hallur til morguns, eða þar til orðið var hálfbjart, en þá dó hann. Gissur, faðir Halls, var studdur til kirkju, þegar brennumenn voru horfnir á braut eftir að hann kom kaldur og hrakinn upp úr sýrukerinu.  Ekkert er vitað um stærðir kirkna að Flugumýri og ekkert um fjölda altara. Sennilega hefur kirkjan verið nokkuð stór, því að heimildir geta þess, að Hólabiskup hafði oft haft prestastefnur þar.

Engir máldagar hafa varðveitzt frá Flugumýrarkirkju, svo að ekkert er vitað um eignir kirkjunnar  en smávísbendingu eru þó til, s.s. um sætaskipan í brúðkaupsveizlunni að Flugumýri.  Þar segir í Sturlungu, að kirkjustólar hafi verið settir eftir miðju gólfi í stofunni og var þar setið á tveim megin. Þessi lýsing segir okkur að Flugumýrarkirkja hafi verið betur búin af sætum en nokkur af þeim kirkjum sem við höfum skoðað máldaga frá í Skagafirði á miðöldum. Venja var á þeim tíma að fólk stæði meðan messu voru sungnar. Er því trúlegast að húsbændurnir og heldra fólkið hafi setið á bekkjunum.

Kirkjan á Flugumýri var helguð Pétri postula, en hans tákn var öfugur kross. Helgisagan segir að Pétur hafi verið krossfestur í Rómaborg og beðið um að krossinn væri látinn snúa öfugt, því hann væri ekki verður að mæta dauða sínum á sama hátt og meistari hans. Önnur tákn hans eru lyklar sem gjarnan eru tveir í kross og hani.

Flugumýri komst í eigu Hólastóls 2. janúar árið 1360, þegar Jón skalli Eiríksson, biskup á Hólum, keypti jörðina.