Hríseyjarkirkja er í Hríseyjarprestakalli í Eyjafjarðarprófastsdæmi. Kirkjur stóðu í Hrísey á öldum áður. Kirkjulaust var um tíma og steinkirkjan, sem nú stendur þar, var vígð 26. ágúst  1928 og samtímis var Hrísey gerð að sérstakri sókn.

Henni var þjónað frá Völlum þar til Hríseyjarprestakall var stofnað 1952 með útkirkju í Stóra-Árskógi. Hannes og Kristján Vigfússynir í Litla-Árskógi skáru skírnarsáinn út.

Arkitekt var Guðjón Samúelsson og smiðir Þorsteinn Þorsteinsson frá Lóni og Jón Einarsson.  Konur í kvenfélagi Hríseyjar voru frumkvöðlar að byggingu kirkjunnar.  Jón Þór Vigfússon og Vigfús Jónsson frá Akureyri máluðu kirkjuna í upphafi en árin 1960 og 1990 var þar að verki Hörður Jörundsson.

Jón Espólín segir, að Enskir hafi eytt Ólafsfirði og Hrísey og brennt þar kirkju árið 1423.  Presta- og prófastatal segir, að alkirkja hafi verið fyrrum í landi Syðstabæjar en bænhús í landi Yztabæjar.  Síðar var bænhús í Syðstabæ en það var lagt niður með konungsbréfi 15. maí 1765.

Áður en kirkja var byggð í Hrísey áttu menn kirkjusókn í Stærra-Árskógssókn, eða þar til núverandi kirkja var vígð og Hrísey gerð að sérsókn.  Hrísey tilheyrði Stærra-Árskógsprestakalli, síðan Vallaprestakalli og Hríseyjarprestakalli frá árinu 1951.  Í Hríseyjarprestakalli eru tvær sóknir, Hríseyjarsókn og Stærra-Árskógssókn. 

Fyrsti prestur Hríseyjarprestakalls var séra Fjalarr Sigurjónsson (1952-1963), síðan Bolli Gústafsson, vígslubiskup (1963-1966), séra Kári Valsson (1966-1982), séra Sigurður Arngrímsson (1982-84), séra Helgi Hróbjartsson (1984-86) og séra Hulda Hrönn M. Helgadóttir frá 1987.