Ljósavatnskirkja er í Ljósavatnsprestakalli í Þingeyjarprófastsdæmi. Ljósavatn er bær og kirkjustaður syðst í Ljósavatnsskarði. Þar voru katólskar kirkjur helgaðar heilögum Nikulási og þar var útkirkja frá Þóroddsstöðum. Síðar tilheyrðu báðar kirkjurnar, ásamt Lundarbrekkukirkju, Staðarfellsprestakalli. Ljósavatnskirkja var bændakirkja frá upphafi til 1914, þegar söfnuðurinn tók við henni.Kirkjan, sem nú stendur, var byggð á árunum 1891-1892 og vígð á nýársdag 1893.

Björn Jóhannsson, bóndi á Ljósavatni, var kirkjusmiður. Kirkjan er turnlaus og ætlun Björns var að byggja við hana forkirkju með turni og jafnvel kór en ekkert varð úr þeirri fyrirætlan. Uppi á litlu lofti í kirkjunni var gjarnar svefnstaður fyrir pilta í Ljósavatnsskóla.

Litað gler var sett í glugga kirkjunnar 1960. Altaristaflan er dönsk, gjöf frá 1927, með mynd af Kristi og kanversku konunni á tali við þorpsbrunninn. Aðalgeir og Sigurður Halldórssynir á Stóru-Tjörnum gerðu skírnarsáinn árið 1960.

Þorgeirskirkja var byggð að Ljósavatni og vígð árið 2000 til minningar um hlutverk Þorgeirs Ljósvetningagoða í krisnitökunni árið 1000.