Skútustaðakirkja er í Skútustaðaprestakalli í Þingeyjarprófastsdæmi.  Skútustaðir eru bær, kirkjustaður og prestssetur við sunnanvert Mývatn.  Þar hefur verið kirkja frá fornu fari en prestssetur fyrst árið 1876.

Brauðið hét fyrrum Mývatnsþing (Skútustaða- og Reykjahlíðarsóknir) á fasts prestsseturs.  Á árunum 1907-1913 var Lundarbrekkusókn hluti af Skútustaðaprestakalli.  Það þótti ekki henta vel, þannig að Lundarbrekka var lögð til Þóroddstaða í Köldukinn.

Timburkirkjan með forkirkju og turni, sem nú stendur, var byggð 1861-63.  Hönnuður Þórarinn Benjamínsson frá Akurseli í Öxarfirði  Hún tekur um 100 manns í sæti.