Brunnhólskirkja er í Kálfafellsstaðarprestakalli í Skaftafellsprófastsdæmi. Hún var vígð 1899 og þar hefur verið kirkjustaður síðan. Þarna var útkirkja frá Bjarnarnesi til 1920 en þá var sóknin lögð til Kálfafellsstaðar. Áður voru kirkjur víða á Mýrum, en þær lögðust af vegna vatnagangs.