Kirkjan er í Kirkjubæjarklausturprestakalli í Skaftafellsprófastsdæmi. Kirkja var lögð af á Klaustri og ný reist á Prestbakka 1859. Jóhannes Jónsson úr Reykjavík var yfirsmiður. Prestsbakkakirkja er úr timbri með forkirkju og sönglofti. Hún tekur u.þ.b. 200 manns í sæti.

Árið 1910 var hún skreytt og máluð af Einari Jónssyni, málara. Gréta og Jón Björnsson skýrðu og lagfærðu verk Einars á aldarafmæli kirkjunnar. Skírnarsáinn gerði Ríkharður Jónsson. Myndirnar á honum visa til eldmessunnar 1783. Altaristaflan er eftir Anker Lund.