Þorlákshafnarkirkja er í Þorlákshafnar-prestakalli í Árnesprófastsdæmi. Hún var vígð 1982 og fyrst messað í henni þá, ófullgerðri. Bygging hennar hófst 1979 og Jörundur Pálsson, arkitekt, teiknaði hana. Fram að því átti Þorlákshöfn kirkjusókn að Hjalla í Ölfusi, allt frá 1770.

Talið er að kirkjur hafi staðið í Þorlákshöfn í allt að 250-400 ár þar á undan.