Hluti safnaðar Dómkirkjunnar í Reykjavík sagði sig úr honum í kjölfar lagasetningar, sem heimilaði það, árið 1899 og stofnaði fríkirkjusöfnuð í Reykjavík. Tveimur árum síðar keypti söfnuðurinn lóð austan Tjarnarinnar og reisti kirkju, sem var vígð 1903. Það gerði séra Ólafur Ólafsson frá Arnarbæli, sem var ráðinn prestur safnaðarins. Ári eftir að kirkjan var vígð var hún orðin of lítil og Rögnvaldur Ólafsson gerði uppdrætti að stækkun hennar. Kirkjan var lengd og vígð að nýju árið 1905. Kirkjan var stækkuð á ný á 25 ára afmæli safnaðarins en þá var steyptum kór bætt aftan við hana og miðhvelfingin eftir endilöngu kirkjuskipinu var hækkuð. Einar Erlendsson, húsameistari, teiknaði þessar breytingar.

Kirkjan var vígð í þriðja skiptið 1924. Núverandi mynd fékk kirkjan 1940, þegar viðbyggingarnar báðum megin forkirkjunnar voru byggðar. Orgel kirkjunnar er frá 1926 og var þá talið eitt þriggja fullkomnustu hljóðfær á Norðurlöndum. Um skeið var talsvert um samkomur, söngskemmtanir og fyrirlestrahald í kirkjunni.

Eimskipafélag Íslands var stofnað í henni 1914. Í tilefni aldarafmælis safnaðarins fór fram gagnger viðgerð og viðhald á kirkjunni 1998-99.