Viðeyjarkirkja er í dómkirkjuprestakalli í Reykjavíkurprófastsdæmi vestra. Fornleifauppgröftur hefur leitt í ljós, að eyjan var í byggð á 10. öld. Á 12. öld mun hafa verið byggð kirkja og árið 1225 var stofnað Ágústínaklaustur. Helztu hvatamenn klausturstofnunar voru höfðingjarnir Þorvaldur Gissurarson og Snorri Sturluson.

Kirkjugarðurinn er vestan og norðan við kirkjuna.  Þar hvíla margir þjóðkunnir menn, s.s. Ólafur Stephensen, stiftamtmaður, sonur hans, Magnús Stephensen, konferensráð, Gunnar Gunnarsson, skáld, Franciska Gunnarson, kona hans og Gunnar Gunnarsson, listmálari, sonur þeirra.

Klaustrið stóð til 1539, þegar fulltrúar konungs frá Bessastöðum rændu það og lýstu eigur þess konungseign. Jón Arason, Hólabiskup, síðasti katólski biskup landsins, fór í herför suður og lagði m.a. Viðey undir sig, endurreisti klaustrið og lét byggja virki í kringum það.

Að honum látnum sama ár varð siðbótinni komið á um allt land og klausturlíf var endanlega lagt niður. Viðey varð að annexíu frá Bessastöðum og síðar aðsetur Skúla Magnússonar, landfógeta, sem lét byggja Viðeyjarstofu. Hún er fyrsta steinhús landsins og var fullbyggð árið 1755. Kirkjan var vígð árið 1774 og er hin næstelzta landsins, sem enn stendur.

Þjóðminjasafnið lét gera byggingarnar upp á árunum 1967-79 og 1987 undir stjórn Þorsteins Gunnarssonar arkitekts, og árið 1986-88 var bætt við byggingu neðanjarðar.  Í nýja hlutanum eru rými tengd núverandi nýtingu hússins til fundar- og ráðstefnuhalds.