Álftamýrarkirkja er í Þingeyrarprestakalli í Ísafjarðarprófastsdæmi. Álftamýri er eyðibýli við norðanverðan Arnarfjörð, fyrrum kirkjustaður og prestssetur til 1880, en þá var sóknin lögð til Hrafnseyrar. Katólskar kirkjur á staðnum voru helgaðar Maríu guðsmóður og Jóhannesi skírara.

Bærinn fór í eyði skömmu eftir 1950. Kirkjan, sem var byggð þar 1896 skemmdist í ofviðri 1966. Skömmu síðar var hún tekin ofan og sóknin sameinaðist Hrafnseyrarsókn.