Hrafnseyrarkirkja er í Þingeyrarprestakalli í Ísafjarðarprófastsdæmi. Á Hrafnseyri var kirkja, helguð Maríu guðsmóður og Pétri postula, í katólskum sið. Álftamýrarsókn var lögð til Hrafnseyrar 1880 en sameinuð Hrafnseyrarsókn 1967.

Hrafnseyrarpresta-kall var lagt niður og sóknin lögð til Bíldudals 1970 en prestur hafði þá ekki setið á Hrafnseyri frá 1961. Frá 1975 hefur Hrafnseyri verið þjónað frá Þingeyri og hún var formlega lögð til Þingeyrar árið 1981. Núverandi kirkja á Hrafnseyri var vígð 28. febrúar 1886. Hún er byggð úr timbri, járnvarin. Kirkjan hefur tvisvar fokið af grunni, en í hvorugt skiptið laskaðist hún neitt að ráði og var sett aftur á grunninn.

Árið 1897 fóru fram endurbætur á kirkjunni og var þá meðal annars smíðaður á hana nýr turn. Árið 1910 fékk hún svo aftur gagngerðar endurbætur og var endurvígð 20. nóv. 1910.

Af góðum gripum kirkjunnar má nefna tvö sett af gömlum ljósastikum, kaleik og patíunu frá ofanverðri 17. öld og fornan þjónustukaleik. Tvær klukkur fornar eru í turni, skírnarsár skorinn af Ríkharði Jónssyni myndhöggvara og æskuverk eftir Kára Eiríksson listmálara vinstra megin í kór. Ljósahjálmur og vegglampar eru í kirkjunni úr dómkirkjunni í Reykjavík, þangað komnir, þegar gasljós voru sett í hana.