Ísafjarðarkirkja er í Ísafjarðarprestakalli í Ísafjarðarprófastsdæmi. Áður en Ísafjörður byggðist var kirkja á Eyri. Hún var helguð Maríu guðsmóður og Jóhannesi postula í katólskum sið. Útkirkjur voru að Hóli í Bolungarvík, á Kirkjubóli, þar sem var hálfkirkja, og í Arnardal og Tungu voru bænhús.

Á árunum 1644-1699 sat hinn frægi klerkur, Jón Magússon þumlungur, Eyri. Hann varð sálsjúkur og kenndi feðgum tveimur á Kirkjubóli um. Jón linnti ekki látum fyrr en hann fékk þá báða brennda fyrir galdra, en ekki batnaði honum sóttin. Jón skrifaði um kvöl sína og pínu í „Píslarsögu" sinni, sem er einstakt ritverk í íslenzkum bókmenntum.

Gamla kirkjan á Ísafirði, var vígð 16. ágúst 1863. Frumkvöðull að byggingu hennar var séra Hálfdán Einarsson (1801-1865). Einar, sonur hans, hafði lært snikkaraiðn var yfirsmiður. Hún var ekki járnvarin og það vantaði í hana kórinn, sem var byggður við 1882, og orgelstúkuna, sem var byggð 1934. Sætin í kirkjunni voru niðri í tveimur stúkum, sem lokuðust með lágum spjaldþiljum að framan, aftan og að miðju kirkjuskipsins og gengið var í bekki frá gangi með útveggjum. Þessu var breytt 1882. Leonard Tang, kaupmaður á Ísafirði, gaf kirkjunni stóran skírnarsá úr marmara árið 1899. Prédikunarstóllinn er úr eik með útskornum líkneskjum guðspjallamannanna, gerður af Ágústi Sigurmundssyni og gefinn af brottfluttum Ísfirðingum á aldarafmæli kirkjunnar. Margir góðir gripir kirkjunnar eru í vörzlu Þjóðminjasafnsins, s.s. málað trélíkneski af Maríu guðsmóður frá því um 1500 og lítil altaristafla, máluð á tré.  Margir munir fóru forgörðum í bruna árið 1987.

Hróbjartur Hróbjartsson arkitekt var beðinn um að teikna nýja kirkju, sem var vígð 1995.  Lögun hennar táknar öldur hafsins.