Talið er, að fyrrum hafi verið Bænhús í Vatnsdal og á Suðureyri.  Suðureyrarkirkja er í Staðarprestakalli í Ísafjarðarprófastsdæmi.  Prestssetrið á Stað í Súgandafirði var formlega flutt til Suðureyrar 1982, þegar Staður var seldur.  Þá höfðu prestar setið tíu árin á undan í kauptúninu.

Núverandi var kirkja vígð 1937.  Meðal merkra gripa hennar er altaristafla eftir Brynjólf Þórðarson, listmálara.  Þar vígðist séra Auður Eir Vilhjálmsdóttir (1937-) til brauðsins 1974 og sat í eitt ár.  Hún var fyrsti kvenprestur landsins.