Stykkishólmskirkja er í Stykkishólms-prestakalli i Snæfellsnes- og Dalaprófastsdæmi. Fram til 1878 var Stykkishólmur í Helgafellssókn. Þá var stofnað til nýrrar sóknar fyrir kauptúnið. Gamla kirkjan, sem hefur verið gerð upp, stendur í bænum og skagar talsvert inn í götuna.

Hún var byggð 1879. Nýja kirkjan er steinsteypt með forkirkju og turni og tekur 300 manns í sæti. Hún var vígð 1990. Hún vekur athygli fyrir byggingarstílinn og hversu áberandi hún er af landi og sjó. Tónleikar og söngskemmtanir eru haldnar í henni.

Klaustur Fransiskussystra (nú Maríusystra) var byggt 1936 ásamt áfastri katólskri kirkju.