Eskifjarðarkirkja er í Eskifjarðarprestakalli í Austfjarðaprófastsdæmi. Fyrsta fríkirkja landsins var reist á Eskifirði 1884, en 130 m² þjóðkirkja var byggð þar árið 1900. Prestur fluttist til Eskifjarðar frá Hólmum í Reyðarfirði árið 1930.

Ný kirkja var vígð sunnudaginn 24. september 2000.  Karl Sigurbjörnsson, biskup Íslands, vígði hana og viðstaddur var menntamálaráðherra, Björn Bjarnason.  Nýja kirkjan er sérstaklega hönnuð með tónleika í huga og hún mun þjóna sem menningarhús.

Salurinn tekur rúmlega 300 manns í sæti.  Hann má opna fram í anddyri, sem tekur 100 manns í sæti.  Kór Fjarðarbyggðar og barnakór sungu.  Tónlistaratriði voru undir stjórn Ágústs Ármanns Þorvaldssonar, Daníels Haraldssonar og Gillians Hawthorn.  Ingibjörg Klemensdóttir og Helga Unnarsdóttir opnuðu leirlistarsýningu.  Arkitektastofa Gylfa Guðjónssonar hannaði kirkjuna.  Hún er 860 m².  Þar er einnig safnaðarheimili, skrifstofur og geymsluhús.