Stafafellskirkja er í Bjarnanesprestakalli í Skaftafellsprófastsdæmi. Stafafell er bær og kirkjustaður í Lóni. Þar var áður prestssetur og höfuðból. Stafafell bar fyrst á góma, þegar Þangbrandur trúboði kom þangað til að snúa bónda til kristni. Bóndi neitaði og Þangbrandu vó hann. Allt frá siðaskiptum fram yfir aldamótin 1900 höfðu 20 prestar setið staðinn og 13 þeirra hvíla í kirkjugarðinum. 

Prestssetrið var aflagt með lögum 1907 og þau komu til framkvæmda 1920. Katólskar kirkjur voru helgaðar Maríu guðsmóður. Kirkjan, sem nú stendur, var byggð 1866-68 úr timbri. Prédikunarstóllinn er gamall og á honum eru myndir af guðspallamönnunum. Altaristaflan er talin vera frá 1670. Fjórar til fimm franskar fiskiskútur fórust í ofsaveðri við Horn og Lón 6. marz 1870. Fjöldi skipverja fórst en öðrum var bjargað. Fjörutíu þeirra voru jarðaðir í kirkjugarðinum að Stafafelli.