Valþjófsstaðarkirkja er í Valþjófsstaðarprestakalli í Múlaprófastsdæmi. Staðarkirkjan var Maríukirkja að fornu en varð aðalkirkja 1306, sem áður var að Bessastöðum. Núverandi kirkja er steinsteypt með forkirkju, sönglofti og turni og sæti fyrir 95 manns. Teikningar hennar eru frá Húsameistara ríkisins og hún var vígð 1966. Í henni eru kaleikur, patína og oblátuöskjur frá 18. öld, gerðar af Sigurði Þorsteinssyni gullsmið. Dönsk altaristafla, sem sýnir ummyndunina á fjallinu, prýðir kirkjuna. Skírnarsáir eru tveir, annar nýlegur, erlendur og hinn frá miðri 18. öld. Innri útihurðin er eftirlíking Valþjófsstaðarhurðarinnar frægu, sem er varðveitt í Þjóðminjasafni. Eftirmyndina skar Halldór Sigurðsson frá Miðhúsum.

Brottfluttir Fljótsdælingar gáfu kirkjunni hana á vígsludaginn. Þessi gamla Valþjófsstaðahurð mun vera frá 13. öld, fyrst skálahurð í bústað höfðingja og síðar í stafkirkju Valþjófsstaðar, sem stóð um aldir, allt fram yfir siðaskipti. Hún er 206,5 sm á hæð og sett saman úr þremur borðum með nót og fjöður. Á framhlið hennar eru tveir kringlóttir reitir með útskurði (97 sm í þvermál hvor). Milli reitanna er stór járnhringur með greyptri silfurskreytingu.

Margir mætir menn hafa lokið upp einum munni um útskurðinn og talið hann einhvert stílhreinasta rómanska verk á Norðurlöndum. Árið 1852 var hurðin seld til Kaupmannahafnar en kom þaðan aftur með fleiri íslenzkum listaverkum árið 1930. Kirkjan átti mikið land og ítök og var eftirsótt vegna mikilla tekna, góðra húsa og veðursældar inni í Fljótsdalnum.

Séra Bjarni Guðjónsson þjónaði alla sína starfsævi við kirkjuna að Valþjófsstað í Fljótsdal. Þar hafa orðið umtalsverðar breytingar á staðháttum, húsakosti og aðkomu undanfarin ár og í tilefni þess var talað við séra Bjarna um kirkjuna, ferilinn og prestsembættið. „Þegar ég kom hingað fyrst, á ferðalagi" segir hann, „var hér gömul kirkja frá 1889, sem hafði lítið verið við haldið og var illa farin. Á fimmta áratugnum var farið að huga að byggingu nýrrar kirkju. Framkvæmdir hófust 1960. Þegar ég vígðist hingað 1963 var enn mikið óunnið í byggingunni og notast við gömlu kirkjuna. Það ár var ákveðið að hraða verkinu og í júlíbyrjun 1966 var kirkjan vígð af Sigurbirni Einarssyni biskupi. Síðan hefur þessi kirkja þjónað Valþjófsstaðarsöfnuði sem hefur látið sér annt um hana. Árið 1992 hófust umræður um gagngerar endurbætur á kirkjunni og var sóknarnefndin einhuga um þær. Í mars 1993 voru skoðaðar 3 tillögur frá Húsameistara ríkisins og ein valin úr. Samkvæmt henni var byggt skrúðhús og snyrting auk þess sem nýr hattur var byggður á turninn, hærri og reisulegri. Þessar bætur voru sérstaklega vel heppnaðar, því notagildi kirkjunnar jókst auk þess sem hún varð miklu fallegri og féll betur að umhverfinu.

Heimamenn, undir forustu Þórarins Rögnvaldssonar, sáu um framkvæmdir og lauk þeim veturinn 1995. Það var um sama leyti að ákveðið var að bæta aðkomu að kirkjunni með nýju myndarlegu bílaplani og lagfæringum á umhverfi.

Með dyggri aðstoð Guðmundar Rafns Sigurðssonar, formanns skipulagsnefndar kirkjugarða, var svo ráðist í framkvæmdir sumarið 1996. Undir frábærri leiðsögn hans önnuðust heimamenn jarðvegsskipti og árið 1997 var verkið boðið út. Það vann Vilhelm Benediktsson frá Egilsstöðum, af einstakri útsjónarsemi og listfengi. Þar var maður sem hugsaði meira um að skila verki sínu vel en að þyngja budduna. Hann framkvæmdi og útfærði frábærar hugmyndir Guðmundar Rafns og bætti ófáum við sjálfur.

Það var sérstaklega gaman að sjá þessar umbætur verða að veruleika, því það var svo mikill samhugur í öllum sem að þeim stóðu. Það lagðist allt á eitt til að þetta mætti verða. Fjárhagsleg forsenda verksins voru aðallega þrjár gjafir. Ein var arfur, ein var frá aldraðri konu í sveitinni og sú þriðja og stærsta frá gömlum manni sem gaf kirkjunni stóra fjárhæð.