Klyppstaðakirkja var reist úr timbri árið 1895.  Höfundur hennar var Jón Baldvin Jóhannsson, forsmiður.  Kirkjan var friðuð 1. janúar 1990.

Klyppstaður fór í eyði árið 1962 og aðrir bæir í sókninni voru allir komnir í eyði 1973, þegar kirkjan var afhelguð.  Brauðið þótti mjög afskekkt og tekjurýrt.