Safnið var stofnað 1964 að frumkvæði Guðlaugs Gíslasonar, fyrrverandi bæjarstjóra og alþingismanns. Vestmannaeyjakaupstaður rekur það. Friðrik Jesson var fenginn til að sjá um uppbyggingu þess. Hann hefur stoppað upp allflesta fugla, fiska og önnur dýr, sem eru uppsett á safninu, auk þess sem hann var safnvörður. Fjölmargir velunnarar safnsins hafa safnað og gefið þá muni, sem eru þar. Fiskarnir í kerjunum eru flestir þangað komnir vegna velvilja og áhuga sjómanna. Safninu er skipt í þrjá sali, þ.e. fugla-, fiska- og steinasafn.

Alls hafa sézt á Íslandi um 300 tegundir fugla, þar af eru u.þ.b. 80 varpfuglar hérlendis. Í Vestmannaeyjum verpa um 30 tegundir fugla að jafnaði og ber mest á sjófuglum, sem eru þar í milljónatali. Þrjár þessara tegunda hafa til skamms tíma ekki orpið annars staðar á landinu, skrofa, litla-sjósvala og stóra-sjósvala. Vor og haust má sjá alla íslenzka farfugla í Eyjum auk flækingsfugla, bæði frá Evrópu og Ameríku. Flestir íslenzku varpfuglarnir eru uppsettir á safninu auk flækinganna. Það er líka hægt að virða fyrir sér egg flestra tegunda varpfugla. Mörg litaafbrigði sjófugla eru líka til sýnis. Í fuglasalnum eru líka uppstoppaðir krabbar og fiskar, margar tegundir mjög sjaldséðar, s.s. lúsifer, sædjöfull og surtla, sem eru djúpsjávarfiskar af 1000-2000 m dýpi.

Helztu tegundir nytjafiska við Ísland eru í kerjum í fiskasalnum auk krabba, sæfífla, krossfiska og skeldýra. Sjórinn í kerjunum er 6°C heitur sjór, sem dælt er úr borholu af 30 m dýpi örfáa metra frá safninu. Árlega hrygna nokkrar tegundir sjávardýra í safninu. Þá gefst kostur á að fylgjast með klaki.

Skrautsteinarnir í steinasalnum eru gjöf hjónanna Unnar Pálsdóttur og Sveins Guðmundssonar frá Arnarstapa í Vestmannaeyjum. Árið 1986 var safninu falin gæzla steinanna. Þetta steinasafn er talið eitt hið merkasta á landinu og telur á annað þúsund íslenzka steina, sem Sveinn safnaði í áratugi um land allt, en aðeins lítill hluti safnsins er til sýnis hverju sinni. Flestir íslenzkir skrautsteinar eru svonefndar holufyllingar. Mest finnst af slíkum steinum utan eldvirku svæðanna. Ísland er jarðfræðilega ungt land og því fátækara af skrautsteinum en flest nágrannalandanna.