Arnarfjörður er mikill flói, sem opnast milli Kópaness og Sléttaness. Hann er 5-10 km breiður og um 30 km langur inn í botn Dynjandisvogs. Innanvert skiptir Langanes honum í tvær álmur og heitir sú syðri Suðurfirðir en úr norðurálmunni ganga Borgarfjörður og Dynjandisvogur.

Yzt að firðinum ganga sæbrött hamrafjöll, einkum að norðan, og hvarvetna er undirlendi lítið. Um miðbik norðurstrandar, í grennd við Hrafnseyri, fær landslagið sérstakan svip. Þar eru dalir og skörð, nær engir klettar en annars staðar kambar og strýtur. Arnarfjörður er allur djúpur nema sandrif gengur út frá Langanesi. Þar út af og inni á Reykjafirði eru mikil kalkþörungamið og hugsanlegt er, að hagstætt sé að vinna þar kalkmjöl.