Haffjarðarey var upprunalega nefnd Hafursfjarðarey.  Hún er stærst svokallaðra Hausthúsaeyja, sem eru fyrir landi eyðibýlisins Hausthúsa í Eyjahreppi í Snæfellsnessýslu.  Fært er þurrum fótum út í eyjarnar á fjöru.  Haffjarðarey var byggð og þar var setur höfðingja á öldum áður.  Þar var sóknarkirkja Eyjahrepps, sem var helguð heilögum Nikulási á katólskum tíma.  Sjávarrof gerði ferðir erfiðar út í eyjarnar á 16. öld og samkvæmt heimildum drukknaði þar margt kirkjufólk á öðrum degi jóla á leið í land 1562.  Kirkjan var aflögð árið eftir og prestakallið var lagt niður.  Uppblásur hefur líka spillt landkostum á eyjunni og bærinn fór í eyði árið 1804.

Kirkjugarðurinn í eyjunni hefur ekki farið varhluta af uppblæstrinum og bein hafa berast, þegar jarðvegurinn hefur horfið.  Þau voru grafin aftur með yfirsöng á eyjunni og í kirkjugarði Miklaholts.  Þarna safnaði landkönnuðurinn Vilhjálmur Stefánsson beinum og fór með þau til rannsóknar í Vesturheimi, sem olli nokkrum deilum á sínum tíma.  Kristján Eldjárn og Jón Steffensen, professor, grófu í garðinum 1945 og tóku bein til rannsókna.  Talið er, að kornyrkja hafi verið stunduð í Hafffjarðarey, enda er þar melgresi víða og þar er líka kröftugt baunagras (Lathyrus maritimus).