Jökulsá á Fjöllum er mesta á Norðurlands. Vatnasvið hennar, 7380 km², er hið stærsta á landinu og hluti þess, u.þ.b. 1700 km², eru undir jökli. Áin er 206 km löng og meðalrennsli henna er 183 m³ um Dettifoss. Eystri upptakakvísl hennar er Kreppa, sem rennur austan Krepputungu. Farvegur Jöklu er austan Ódáðahrauns og Mývatnsöræfa, um Kelduhverfi og til sjávar í Öxarfirði.

Aðrir fossar í ánni eru: Selfoss, Réttarfoss og Hafragilsfoss. Rétt norðan Herðubreiðarlinda er smáfoss, þar sem áin hverfur ofan í  þrönga gjá. Fyrsta brúin yfir Jöklu var byggð hjá Ferjubakka í Öxarfirði árið 1905 og ný á sama stað 1956-57. Önnur brúin, þar sem þjóðvegur 1 liggur á móts við Grímsstaði, var byggð árið 1947, en áður voru lögferjur á báðum þessum stöðum.

Þjóðgarðurinn Jökulsárgljúfur er vestan Jöklu frá og með Dettifossi til og með Ásbyrgi (nánar lýst annars staðar). Eftir að gljúfrum Jöklu sleppir er hún gjarnan kölluð Jökulsá í Öxarfirði. Þar kvíslast hún í Sandá og Bakkahlaup, sem fá meginvatnsmagnið, þannig að Jökla sjálf er ekki svipur hjá sjón, þegar hún rennur úti í sjó. Oft valda krapastíflur því, að áin grefur sér nýja farvegi. Jökla er talin bera fram u.þ.b. 5 milljónir tonna af aur árlega, þannig að uppbygging nýs lands er stöðug. Við ósana er mikið af sel og talsvert skúmsvarp á söndunum.