Fyrir 1950 rann Jökulsá á Breiðamerkursandi beint undan jökli u.þ.b. 1½ km til sjávar. Síðan hefur jökullinn hörfað og sístækkandi lón myndazt. Meðalrennsli árinnar er 250-300 m³/sek. og stórir ísjakar brotna af jökuljaðrinum, sem er á floti í vatni. Lónið er feikidjúpt, a.m.k. 280 m, dýpsta vatn Íslands. Áin styttist stöðugt vegna brimrofs og árið 1998 var hún varla meira en 500 m löng. Yfirborð lónsins hefur lækkað stöðugt vegna þess, að affallið hefur rutt burtu fyrirstöðu, þannig að nú gætir sjávarfalla í því. Það þýðir einfaldlega, að hlýrra vatn streymir inn á flóði og ísinn bráðnar mun hraðar en fyrrum.  Árið 2003 hófust framkvæmdir til að fyrirbyggja frekara landbrot, m.a. með því að hækka vatsstöðu lónsins, svo að sjór falli sem minnst eða ekki inn í það.  Fyrirstaðan kemur ekki í veg fyrir innstreymi sjávar.  Flóðs og fjöru gætir enn þá (2011).

Bæði loðna og síld ganga inn í lónið og selurinn eltir ætið. Víða má sjá æðarfugl syndandi milli jakanna. Það er ógleymanlegt að sigla með bátunum um lónið og virða fyrir sér litaskipti íssins og ótrúlegar ísmyndanir náttúrunnar. Það er rekin bátaútgerð fyrir ferðamenn á lóninu og þar er lítið veitingahús. Áætlunarbílar hafa viðkomu við lónið á hverjum degi á sumrin, bæði frá Höfn og Reykjavík og í dagsferðum tengdum Skálafellsjökli frá Höfn. Vegalengdin frá Reykjavík er um 400 km.

Frá 14. öld fram til upphafs 20. aldar var nær samfellt kuldaskeið, einkum eftir 1600, oft nefnt „litla ísöldin" , því að líklega var það kaldasta skeið hér á landi frá lokum ísaldar. Talið er, að hjarnmörk á sunnanverðum Vatnajökli um 1650 hafi verið um 350 m lægri en á 11. öld, í 750 m hæð. Snjór hlóðst á jökla og þeir tóku að skríða fram eyðandi landi, gróðri og byggð. Henderson (1818) taldi, að árið 1815 hafi upptök Jökulsár ekki verið meira en 2 km frá sjó og er sú vegalengd svipuð (um 2200 m) á Íslandskorti Björns Gunnlaugssonar, sem talin er komin frá landmælingum Scheels og Frisaks 1813 og A. Aschlunds frá 1817.

Árið 1836 taldi Gaimard 400 m frá upptökum að ósum Jökulsár. Samtímis framskriðinu varð landauki fram frá 1817 til 1904. Árið 1934 skreið jökullinn skyndilega fram og náði næstum út í sjó, ár flæddu yfir allar engjar á Felli, sem um miðja 18. öld var talin mesta slægjujörð í Suðursveit og huldust grjóti og auri. Um skeið hélzt bærinn á eyju en loks tók hann sjálfan af. Ekkert lát varð á framrás jökulsins.

Árið 1875 ruddist hann hratt fram og heimamenn óttuðust að hann næði að sjó og lokaði leið yfir Breiðamerkursand. Svo fór þó ekki, og þegar Howell fór um sandinn 1891, áður en hann kleif Öræfajökul, sagði hann um 1600 m frá jökli að sjó. Stuttu síðar gerði jökullinn lokaatrennu að sjó og lengst er talið, að hann hafi náð fram árið 1894, 256 m frá sjó og 9 m yfir sjávarmáli. Eftir það tók hann að hopa, hægt í fyrstu, en hratt eftir 1930. Alls mun framskrið austurjökulsins, þar sem nú er Jökulsá, hafa verið um 9 km frá 1732 til 1890. Árin 1934-35 fór Jökulsárlón að koma fram við jökulsporðinn og Jökulsá, sem var þá 1 km löng, að grafa sér fastan farveg til sjávar. Lónið stækkaði ört eftir 1937, var orðið 7,9 km² árið 1975, 10,4 km² 1991, u.þ.b. 18 km² 1999 og enn stækkar það og dýpkar. Jökulsporðurinn er nú nokkra km frá sjó og hörfar til norðurs.

Árið 1992 fór Stemma úr farvegi sínum og tók að renna í Jökulsárlón og Stemmulón, 2,1 km², tengdist því. Við hop vesturstraums Breiðamerkurjökuls kom Breiðárlón í ljós snemma á þriðja áratugi 20. aldar, en Breiðá rann frá því til sjávar um 6-7 km vestan Jökulsár unz hún braut sér farveg vestur í Fjallsá árið 1954. Breiðamerkurjökull og Fjallsárjökull skildust að árið 1946. Undan jöklinum kemur gróðursnauður sandurinn og engin ummerki eeru um gömul bæjarstæði en stöðugt bera ár fram móhnausa, leifar af fornum grassverði og birkilurka sem vitna um hina horfnu Breiðumörk (Breiðármörk). Af bæjum í landnámi Þórðar illuga eru nú Kvísker ein eftir.

Á móts við Eyjólfsfjall fellur austurstraumur Breiðamerkurjökuls bratt niður fyrir sjávarmál og skríður síðan um 20 km langa rennu niður í Jökulsárlón. Nyrzt í henni er jökullinn 800-900 m þykkur og nær 175 m niður fyrir sjávarmál, en dýpst 300 m ofan við Jökulsárlón og þar er hann 300-400 m þykkur. Mjóstur er straumurinn skammt suðvestan við Innri-Veðurárdal, um 3,5 km breiður, en síðar breiðir hann úr sér og er um 7 km breiður við jökulsporð. Ísstraumur fellur suður í Jökulsárlón en hluti sveigir austur að upptökum Stemmu. Sé horft upp eftir troginu, vekur athygli, að um 3 km suður af Skálabjörgum rís stakt, keilulaga fjall 300 m yfir sjávarmál, sem hefur staðið af sér rof, þegar setlög grófust fram umhverfis það. Þessi eyja í troginu er beint norðaustur af fjallsbrík, sem nær að Káraskeri.

Frá því að Jökulsárlón fór að myndast á þriðja tug 20. aldar, hefur ströndin framan við mynni Jökulsár hörfað vegna þess, að framburður frá jöklinum hefur setzt í lónið og aðeins lítill hluti hans borizt með ánni til strandar. Framburður undan jöklinum hefur því ekki bætt up strandrof. Samanburður á kortum frá 1904 og 1989 sýnir, að strandlínan hefur hörfað á 8 km löngum kafla við ármynnið. Mest hafa rofizt af ströndinni 700 m ár 85 árum, að meðaltali 8,5 m á ári. Hopið frá 1945 til 1989 var svipað.