Skaftá er blönduð jökulsá og lindá.  Meginhluti jökulvatnsins kemur undan Skaftárjökli og nokkuð jökul- og lindavatn úr Langasjó um Útfall.  Mest er vatnsmagnið þaðan á heitum sumardögum.  Meðal fjölmargra þveráa Skaftár í óbyggðum eru Nyrðri- og Syðri-Ófæra, Gjrótá og Hellisá.  Vatnssvið Skaftár hjá Skaftárdal er í kringum 1400m² og meðalrennsli í kringum 122 m³/sek (87 l/sek af km²; afrennsli Skjálfandafljóts er 24 l/sek af km²).

Hlaup í Skaftá eru algeng og fylgir þeim stækur brennisteinsþefur.  Þau eiga upptök sín í sigkötlum norðvestan Grímsvatna í Vatnajökli.  Í Skaftáreldum fylltust gljúfur Skaftár af hrauni frá Lakagígum vestari og síðan hefur áin flæmst ofan á hrauninu án raunverulegs farvegar.  Ofan Skaftárdals fellur hún í 9 m háum fossi, Hundafossi, fram af hraunbrún.  Áin breiðir mikið úr sér fyrir framan Skaftárdal og rennur þar í mörgum kvíslum (Skaftárdalsvatn) en greinist siðan neðar í þrjár kvíslar, Eldvatn (mest; rennur til Kúðafljóts), Árkvíslar, sem renna um Eldhraunið og hverfa í það að hluta og sumpart hefur framrás þess verið hindruð, og Skaftá, sem fellur austur með Síðu, en þverr stundum í miklum vetrarhörkum.