Hegningarhúsið (1871-73; C. Kientz) er við Skólavörðustíg og hefur verið í notkun frá árinu 1874. Það er eyna steinhús landsins, sem var byggt úr ótilhöggnu grjóti.  Miðhlutinn var dómshús, austurálman fangarými og vesturálman íbúð fangavarðar.  Byggingin ber merki nýklassísks stíls.  Húsið var friðað árið 1978.  Fangarýmum var fækkað úr 23 árið 1989 í 19 vegna kröfu heilbrigðisyfirvalda. Í dag er rými fyrir 16 fanga og þar af eru tvö fyrir fanga í einangrun. Hegningarhúsið er eina fangelsið sem er byggt sem slíkt og er enn í notkun 130 árum síðar. Húsið er á tveimur hæðum sem eru í notkun en kjallari er með öllu ónothæfur. Fangar eru vistaðir á jarðhæð og er veggur sem skilur það rými frá aðstöðu fangavarða. Aðstaða til líkamsræktar eða tómstundavinnu er lítil sem engin, en allstór garður með sparkvelli og einu körfubolltaspjaldi er norðanmegin við húsið. Fangar fá að fara í útivist frá 9.30 til 10.00 og síðan seinnipart dags frá 16.30 til 17.00 alla daga vikunar.